Het onderwijs in de bovenbouw
theoretische leerwegen
Vanaf augustus 2012 start Echnaton met de eigen bovenbouw van de havo. Havo-leerlingen die een profiel economie & maatschappij kiezen, kunnen op Echnaton de havo afmaken.
De leerlingen in de mavo blijven vier jaar bij elkaar in de klas. Na het examen kiezen zij voor een vervolg in de havo of voor doorstroom naar het hoogste niveau binnen het middelbaar beroepsonderwijs.

beroepsgerichte leerwegen
Leerlingen in de bovenbouw volgen het intersectorale programma: een programma dat leerlingen de mogelijkheid biedt om zich langer (en uitgebreider) te oriënteren op verschillende soorten werk en werkomgevingen. Dit gaat samen met een intensieve loopbaanbegeleiding. Uiterlijk in klas vier maken de leerlingen de keuze voor een uitstroomprofiel: ze doen examen in technologie & commercie of ze kiezen voor een examen dienstverlening & commercie. Beide examens bieden de leerlingen toegang tot een groot aantal vervolgopleidingen in het middelbaar beroepsonderwijs. De algemeen vormende vakken in het intersectorale programma, Nederlands, Engels, wiskunde of economie en biologie of nask volgen de leerlingen op bbl- of kbl-niveau. In het beroepgerichte gedeelte werken de basis- en kaderleerlingen samen. Hier wordt vooral gekeken naar het niveau van de praktische talenten van de leerlingen: hoe werkt de leerling samen, kan hij eenvoudige of ook complexere werkzaamheden aan en doet hij dat onder begeleiding of kan hij dat helemaal zelfstandig?
